SMK Raja Permaisuri Bainun pada mulanya dikenali sebagai Sekolah Menengah Manjoi, dibuka pada tanggal 10 September 1984. Sekolah ini diasaskan oleh Dato’ Hj. Mohd Ghazali Hanafiah, Pengarah Jabatan Pendidikan Perak ketika itu. Bangunan sekolah ini merupakan bekas Bangunan Maktab Perguruan Ipoh Baru. Ia telah dijadikan Sekolah Rancangan Khas Berasrama Penuh kelolaan Jabatan Pendidikan Perak. Tujuan penubuhan ini adalah untuk memberi pendidikan yang sempurna kepada anak-anak luar bandar berpendapatan rendah yang mendapat keputusan cemerlang dalam Ujian

Penilaian Sekolah Rendah (UPSR) tetapi tidak terpilih ke sekolah berasrama penuh.

   Pengambilan pertama seramai 96 orang murid tingkatan 1 telah dibuat dengan kelayakan minimum 3A+2B dalam Ujian Penilaian Darjah Lima dengan 7 orang guru. Perasmian Pemasyhuran SMK Raja Permaisuri Bainun telah disempurnakan oleh Duli

Yang Maha Mulia Raja Permaisuri Perak, Tuanku Bainun binti Mohd Ali D.K. pada 8 Julai 1987. Pada masa ini, jumlah murid telah meningkat kepada 542 orang, guru 62 orang dan 18 orang staf sokongan. Bilangan kelas juga telah meningkat daripada 4 kelas pada tahun 1984 kepada 27 kelas pada tahun 2012. Tingkatan 6 dimulakan pada 1998 dengan 16 orang murid. Mata pelajaran yang ditawarkan adalah Perkomputeran, Matematik S, Pengurusan Perniagaan, Pengajian Am dan MUET.

   Sejak dibuka, sekolah ini telah dapat mengekalkan pencapaian 100% kelulusan peperiksaan SRP / PMR dan SPM. Sekolah ini juga telah menerima Anugerah Sekolah Bestari pada tahun 1989 dan pada tahun 1997 pula memenangi Naib Johan Anugerah Sekolah Harapan Negara Kategori Bandar. Pada tahun 1998, sekolah ini telah menjadi Johan Sekolah Harapan Negara Kategori Bandar.

   Semua murid tingkatan 4 diwajibkan mengambil Elektif Sains mulai tahun 1996. Untuk memantapkan kaedah pengajaran dan pembelajaran, M.O.U. RECSAM BAINUN telah ditandatangani pada 12 Januari 1997. Projek ini dikenali sebagai REBACOS (RECSAM Bainun Cooperative School). Penekanan adalah terhadap pembelajaran kooperatif bagi mata pelajaran Sains, Sains Tulen (Fizik, Kimia, Biologi), Matematik Moden, Matematik Tambahan dan Bahasa Inggeris. Kini kaedah CL telah diperluaskan untuk semua mata pelajaran di sekolah ini.

   “Living In Fine English” {LIFE} adalah bidang kebitaraan akademik yang berfokus untuk membudayakan bahasa Inggeris dalam kalangan warganya. Pelbagai aktiviti yang menjurus kepada memberi pendedahan dan menggalakkan murid menggunakan bahasa Inggeris ke arah melonjakkan kecemerlangan pencapaian dan penguasaan mata pelajaran Bahasa Inggeris dilaksanakan secara berterusan.

   Sekolah ini juga memberi tumpuan terhadap kokurikulum. Pasukan Orkestra Muda Bainun telah ditubuhkan pada September 1996 dengan 120 orang murid. Sehingga kini, pasukan ini telah membuat beberapa persembahan seperti persembahan kepada DYMM Raja Permaisuri Perak Tuanku Bainun di Istana Iskandariah, Persembahan Diraja di Dewan Banquet Bangunan Perak Darul Ridzuan, persembahan sempena Perayaan Hari Guru peringkat kebangsaan dan mengambil bahagian dalam Konsert Tahunan Kementerian Pendidikan Malaysia. Pasukan Ghazal Sri Bainun yang merupakan salah satu daripada ensemble muzik di sekolah ini telah berpeluang menyertai Festival Keseniaan Murid peringkat antarabangsa di Izmir, Turki pada bulan April 2011. Di samping itu, pasukan Ghazal Sri Bainun juga kerap kali dijemput untuk membuat persembahan di majlis-majlis anjuran agensi kerajaan dan swasta.

   Aspek pembinaan Bina Insan Gemilang {BIG} juga merupakan bidang kebitaraan yang menggilap kepimpinan dan jati diri murid ke arah melahirkan “towering personalities”. Aktiviti-aktiviti seperti kem motivasi, kursus kepimpinan, khidmat masyarakat, pendidikan dan penyelidikan biodiversiti serta lawatan penandaarasan dijalankan dalam usaha menggerakkan Program Transformasi Pendidikan Negara.

 SMKRPB juga julung-julung kalinya telah menganjurkan Bainun International Smart Partnership Week 2011 pada julung-julung kalinya. Program yang akan diadakan sebagai acara tahunan ini menjadi platform untuk para murid berinteraksi, berkomunikasi, bertukar-tukar pendapat dan belajar mengenali masyarakat dari sosio budaya yang berbeza. BISPW mengumpulkan para murid dari sekolah-sekolah di luar serta dalam negara serta menjadi medan pertukaran budaya ke arah melahirkan kumpulan murid yang berdaya saing dan kompetitif di peringkat global. Dalam usaha meningkatkan kecemerlangan sekolah, PIBG juga turut memainkan peranan dengan memberikan pelbagai sumbangan dari segi material dan sokongan moral. Pada 1998, PIBG sekolah telah menyumbang 40 buah komputer untuk Program Literasi Komputer dan Pengajaran dan Pembelajaran Bestari. Sebuah van turut disumbangkan bagi kemudahan murid.

   Sebuah bas telah dikurniakan kepada pihak sekolah oleh DYMM Dr. Raja Nazrin Shah sempena Hari Penghargaan Sekolah 1994. Jabatan Pendidikan Negeri Perak telah memperuntukkan pembinaan Kompleks Guru di sekolah ini pada 1997. Bangunan tersebut telah siap dan diserahkan pada April 2000. Pencapaian kecemerlangan sekolah ini amat berkait rapat dengan usaha dan kepimpinan para pentadbir yang bersungguh-sungguh serta prihatin terhadap matlamat dan visi sekolah. Sepanjang usia 27 tahun, sekolah ini telah ditadbir oleh 13 orang PENGETUA CEMERLANG yang berdedikasi dan berwawasan untuk memastikan kecemerlangan sekolah yang berterusan.

   Pada tahun 2008, SMK Raja Permaisuri Bainun telah menerima 4 anugerah iaitu Sekolah Kluster Kecemerlangan Malaysia, Sekolah Bestari 5 Bintang, Sekolah Mithali Tabung Haji dan Sijil Pengiktirafan MS ISO 9001:2000. Kini, SMK Raja Permaisuri Bainun terus mencipta sejarah di bawah kepimpinan Pengetua, Puan Norelawati binti Jawahir. Dengan sokongan padu daripada barisan pengurusan yang mantap sekolah ini terus mengukuhkan kedudukannya sebagai salah satu institusi pendidikan unggul di Malaysia.

  Kejayaan demi kejayaan terus dilakar, mengukuhkan lagi reputasi SMK Raja Permaisuri Bainun sebagai peneraju kecemerlangan dalam bidang akademik, kokurikulum, dan pembangunan sahsiah pelajar. Antaranya, Kumpulan String Orkestra Team A dan Team B berjaya meraih Anugerah Perak dalam Pertandingan String Orkestra Peringkat Kebangsaan di Festival Kesenian Muzik Sekolah-sekolah Menengah 2024. Dengan pelbagai kejayaan yang diraih, SMK Raja Permaisuri Bainun terus menjadi lambang kecemerlangan yang holistik. Di bawah kepimpinan dan bimbingan yang unggul, sekolah ini tidak hanya menghasilkan pelajar cemerlang dari segi akademik tetapi juga pemimpin masa depan yang berketerampilan, berdaya saing, dan bersedia untuk menghadapi cabaran global.