SMK Raja Permaisuri Bainun pada mulanya dikenali sebagai Sekolah Menengah Manjoi, dibuka pada tanggal 10 September 1984. Sekolah ini diasaskan oleh Dato’ Hj. Mohd Ghazali Hanafiah, Pengarah Jabatan Pendidikan Perak ketika itu. Bangunan sekolah ini merupakan bekas Bangunan Maktab Perguruan Ipoh Baru. Ia telah dijadikan Sekolah Rancangan Khas Berasrama Penuh kelolaan Jabatan Pendidikan Perak. Tujuan penubuhan ini adalah untuk memberi pendidikan yang sempurna kepada anak-anak luar bandar berpendapatan rendah yang mendapat keputusan cemerlang dalam Ujian Penilaian Sekolah Rendah (UPSR) tetapi tidak terpilih ke sekolah berasrama penuh.

Pengambilan pertama seramai 96 orang pelajar tingkatan 1 telah dibuat dengan kelayakan minimum 3A+2B dalam Ujian Penilaian Darjah Lima dengan 7 orang guru. Perasmian Pemasyhuran SMK Raja Permaisuri Bainun telah disempurnakan oleh Duli Yang Maha Mulia Raja Permaisuri Perak, Tuanku Bainun binti Mohd Ali D.K. pada 8 Julai 1987.

Pada masa ini, jumlah pelajar telah meningkat kepada 542 orang, guru 62 orang dan 18 orang staf sokongan. Bilangan kelas juga telah meningkat dari 4 kelas pada tahun 1984 kepada 27 kelas pada tahun 2012. Tingkatan 6 dimulakan pada 1998 dengan 16 orang pelajar. Mata pelajaran yang ditawarkan adalah Perkomputeran, Matematik S, Pengurusan Perniagaan, Pengajian Am dan MUET.

Sejak dibuka, sekolah ini telah dapat mengekalkan pencapaian 100% kelulusan peperiksaan SRP / PMR dan SPM. Sekolah ini juga telah menerima Anugerah Sekolah Bestari pada tahun 1989 dan pada tahun 1997 pula memenangi Naib Johan Anugerah Sekolah Harapan Negara Kategori Bandar. Pada tahun 1998, sekolah ini telah menjadi Johan Sekolah Harapan Negara Kategori Bandar.

Semua pelajar tingkatan 4 diwajibkan mengambil Elektif Sains mulai tahun 1996. Untuk memantapkan kaedah pengajaran dan pembelajaran, M.O.U. RECSAM BAINUN telah ditandatangani pada 12 Januari 1997. Projek ini dikenali sebagai REBACOS (RESCSAM Bainun Cooperative School). Penekanan adalah terhadap pembelajaran kooperatif bagi mata pelajaran Sains, Sains Tulen (Fizik, Kimia, Biologi), Matematik Moden, Matematik Tambahan dan Bahasa Inggeris. Kini kaedah CL telah diperluaskan untuk semua mata pelajaran di sekolah ini.

“Living In Fine English” {LIFE} adalah bidang kebitaraan akademik yang berfokus untuk membudayakan bahasa Inggeris dalam kalangan warganya. Pelbagai aktiviti yang menjurus kepada memberi pendedahan dan menggalakkan pelajar menggunakan bahasa Inggeris ke  arah melonjakkan kecemerlangan pencapaian dan penguasaan mata pelajaran Bahasa Inggeris dilaksanakan secara berterusan.

Sekolah ini juga memberi tumpuan terhadap kokurikulum. Pasukan Orkestra Muda Bainun telah ditubuhkan pada September 1996 dengan 120 orang pelajar. Sehingga kini, pasukan ini telah membuat beberapa persembahan seperti  persembahan kepada DYMM Raja Permaisuri Perak Tuanku Bainun di Istana Iskandariah, Persembahan Diraja di Dewan Banquet Bangunan Perak Darul Ridzuan, persembahan sempena Perayaan Hari Guru peringkat kebangsaan dan mengambil bahagian dalam Konsert Tahunan Kementerian Pendidikan Malaysia.

Pasukan Ghazal Sri Bainun yang merupakan salah satu daripada ensemble muzik di sekolah ini telah berpeluang menyertai Festival Keseniaan Murid peringkat antarabangsa di Izmir,  Turki pada bulan April 2011. Di samping itu, pasukan Ghazal Sri Bainun juga kerap kali dijemput untuk membuat persembahan di majlis-majlis anjuran agensi kerajaan dan swasta. 

Aspek pembinaan Bina Insan Gemilang {BIG} juga merupakan bidang kebitaraan yang menggilap kepimpinan dan jati diri pelajar ke arah melahirkan “towering personalities”. Aktiviti-aktiviti seperti kem motivasi, kursus kepimpinan, khidmat masyarakat, pendidikan dan penyelidikan biodiversiti serta  lawatan penandaarasan dijalankan dalam usaha menggerakkakn Program Transformasi Pendidikan Negara. 

SMKRPB juga telah menganjurkan Bainun International Smart Partnership Week  2011 pada julung-julung kalinya. Program yang akan diadakan sebagai acara tahunan ini menjadi platform untuk para pelajar berinteraksi, berkomunikasi, bertukar-tukar pendapat dan  belajar mengenali masyarakat dari sosiobudaya yang berbeza. BISPW  mengumpulkan para pelajar dari sekolah-sekolah di luar serta dalam negara serta menjadi medan pertukaran budaya ke arah melahirkan kumpulan pelajar yang berdaya saing dan kompetitif di peringkat global.

Dalam usaha meningkatkan kecemerlangan sekolah PIBG juga turut memainkan peranan dengan memberikan pelbagai sumbangan dari segi material dan sokongan moral. Pada 1998, PIBG sekolah telah menyumbang 40 buah komputer untuk Program Literasi Komputer dan Pengajaran dan Pembelajaran Bestari. Sebuah van turut disumbangkan bagi kemudahan pelajar.

Sebuah bas telah dikurniakan kepada pihak sekolah oleh DYMM Dr. Raja Nazrin Shah sempena Hari Penghargaan Sekolah 1994. Jabatan Pendidikan Negeri Perak telah memperuntukkan pembinaan Kompleks Guru di sekolah ini pada 1997. Bangunan tersebut telah siap dan diserahkan pada April 2000.

Pencapaian  kecemerlangan sekolah ini amat berkait rapat dengan usaha dan kepimpinan para pentadbir yang bersungguh-sungguh serta prihatin terhadap matlamat dan visi sekolah. Sepanjang usia 27 tahun, sekolah ini telah ditadbir oleh 13 orang pengetua yang berdedikasi dan berwawasan untuk memastikan kecemerlangan sekolah yang berterusan.

Pada tahun 2008, SMK Raja Permaisuri Bainun telah menerima 4 anugerah iaitu Sekolah Kluster Kecemerlangan Malaysia, Sekolah Bestari 5 Bintang, Sekolah Mithali Tabung Haji dan Sijil Pengiktirafan MS ISO 9001:2000.